Najwyższa Izba Kontroli przeprowadziła kontrolę działalności w zakresie pozyskania, ewidencji i wykorzystania środków na rozwój odnawialnych źródeł energii. Izba oceniła pozytywnie działalność WFOŚiGW w Krakowie związaną z planowaniem i wydatkowaniem środków na zadania inwestycyjne oraz doradczo-promocyjne wspierające rozwój odnawialnych źródeł energii, w ramach szerokiego priorytetu dotyczącego likwidacji niskiej emisji i ochrony powietrza. NIK uznała za skuteczne oraz w pełni transparentne stosowane mechanizmy wspierania rozwoju OZE. Według Izby pomoc udzielana była z zastosowaniem różnorodnych form finansowych. Pozytywnie oceniono zastosowane zabezpieczenia gwarantujące osiągnięcie celów określonych w umowach, a także umieszczenie w nich zapisów umożliwiających kontrolowanie inwestycji podczas realizacji i po zakończeniu, w tym osiągnięcie zakładanych efektów rzeczowych i ekologicznych, także w tak zwanym okresie trwałości zadania.